Данная ситуация не является проблемой.

[Интеграция] работает только с письмом, на котором стоит курсор, так как идет четкое определение, пользователем, деталей данного письма.

[Автопривязка] запускает скрипт автоматического анализа письма и привязки его к сущностям, которые определены в процессе. (контакт, контрагент, инцидент)

Здравстауйте!
Кнопки "Интеграция с Terrasoft" не существует, есть кнопка "Загрузить в Terrasoft CRM". Она действительно загружает только первое письмо, а если она используется несколько раз за день, в Terrasoft сохраняется только последнее, загруженные до этого удаляются без предупреждения. Вложения при этом игнорируются, вложенные файлы в Terrasoft нужно включать вручную. Кнопки "Автопривязка" также нет, есть кнопка "Связать автоматически", которая не выполняет никаких действий.

Владимир, скорей всего речь идет о разных версиях Terrasoft(касательно названий кнопок).
Что же касается описанной Вамит ситуации с удалением - сделайте запрос в отдел технической поддержки для проведения детального тестирования Вашей конфигурации. В письме, обязательно укажите версию используемой Вами Terrasoft и Outlook а также разрядность MS Outlook